La variante omicron du SRAS-COV-2 divergeait des variantes SARS-COV-2 précédentes à la suite d'une évolution adaptative, dans laquelle des mutations bénéfiques sont transmises aux générations futures par sélection naturelle, plutôt que par recombinaison entre les variantes précédentes, selon ungrande équipe internationale de chercheurs.L'étude, qui a publié récemment dans la nature, est la première à décrire le profil génomique de l'omicron et à explorer les origines de la variante.
«Nous avons vu SARS-CoV-2 générer trois variantes majeures - Alpha, Delta et Omicron - dans environ 16 mois, ce qui est très surprenant car d'autres virus ne font pas de grands sauts évolutifs répétés», a déclaré Maciej Boni, professeur agrégé de biologie, Penn State, qui a dirigé l'analyse de recombinaison pour cette collaboration mondiale.«La dernière variante - omicron - est extraordinaire en raison du saut encore plus grand qu'il a fait dans l'évolution de sa protéine de pointe.»
Boni a noté que par rapport aux variantes précédentes, la protéine de pointe d'Omicron a plus de 30 mutations, dont beaucoup sont connues pour influencer la neutralisation des anticorps hôtes.
"Étant donné qu'Omicron a fait un si grand bond en avant parlant de manière évolutive, nous voulions enquêter pourquoi et comment cela a pu se produire", a-t-il déclaré.
Pour ce faire, l'équipe - dirigée par le Center for Epidemic Response and Innovation en Afrique du Sud - a analysé les 686 séquences omicron qui étaient disponibles d'ici le 7 décembre 2021. Ils ont constaté que Omicron se situe dans la lignée B.1.1, qui, quiComprend également la variante alpha.Fait intéressant, l'équipe a constaté que Omicron est génétiquement distinct de l'alpha, ainsi que toutes les autres variantes d'intérêt connues.
"Cela signifie que bien qu'Omicron appartient à la même lignée que la variante alpha, elle a changé dans une si grande mesure qu'elle est largement méconnaissable en tant que cousin ou neveu de la variante alpha", a déclaré Boni."Lorsque le génome omicron a été séquencé pour la première fois, il est devenu clair que ce virus avait le potentiel d'être phénotypiquement très différent des variantes SARS-COV-2 précédentes que nous connaissions."
Pour déterminer quand la variante omicron a émergé pour la première fois, l'équipe a utilisé une technique, appelée analyse phylogénétique bayésienne calibrée dans le temps.Ils ont estimé que la date à laquelle l'existant de l'ancêtre commun le plus récent de tous les omicrons existait était début octobre 2021.
Ensuite, l'équipe a appliqué une analyse de sélection aux 686 séquences omicron et a trouvé des preuves de sélection naturelle positive dans de nombreux gènes depuis la variante se sépare des autres lignées B.1.1."Cette constatation a conduit à notre conclusion que l'évolution adaptative a joué un rôle important dans l'émergence précoce et l'établissement de l'Omicron", a déclaré Boni.«Cette constatation suggère que l'omicron est probablement le résultat d'un processus évolutif qui a créé un virus hautement transmissible qui échappe partiellement à nos réponses d'anticorps.»
De plus, la constatation a exclu la recombinaison de variantes précédentes dans l'origine de l'Omicron.
"Nous n'avons trouvé aucune preuve convaincante d'Omicron étant un recombinant des variantes SARS-COV-2 précédentes", a déclaré Boni.
L'équipe a constaté que certains échantillons d'Omicron présentaient des preuves faibles d'avoir un matériel génétique héréditaire à partir d'un virus delta, mais les analyses statistiques n'ont pas pu exclure le hasard ou les petites erreurs de séquençage comme causes de ce curieux signal de recombinaison.
"Compte tenu de la désinformation récente suggérant que les variantes omicron et delta se sont recombinées pour créer une super variante` `deltacron '', il est important de noter qu'une telle recombinaison est en fait possible, mais il n'y a actuellement aucune preuve que cela s'est produit", a déclaré Boni."De plus, si cela se produit, on ne sait pas quelles seraient les propriétés d'un tel virus en termes de capacité à transmettre et / ou à provoquer une maladie grave, entre autres facteurs."
En ce qui concerne la transmissibilité d'Omicron, l'équipe a conclu que l'évasion immunitaire partielle était probablement un moteur majeur de la propagation rapide de l'Omicron en Afrique du Sud, étant donné que la proportion de la population sud-africaine qui était immunisée (soit contre l'infection, la vaccination ou les deux) était supérieure à 60%.
"Cette idée que l'Omicron peut échapper partiellement au système immunitaire est soutenue par d'autres résultats récents montrant un risque accru de réinfection SAR-COV-2 associé à l'émergence de l'omicron", a déclaré Boni.«Nous savons également maintenant que la charge virale d'Omicron est plus élevée chez les personnes infectées, ce qui contribue également substantiellement à son taux de transmission élevé.»
Boni a noté que la vague omicron actuelle est un rappel à tous les Américains pour garder nos vaccinations Covid-19 aussi actuelles que possible.
"Nous ne pouvons pas nous permettre de supporter une autre année civile avec un demi-million de morts", a-t-il déclaré.
Reference: Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa. Nature. 2022:1-10. doi: 10.1038/s41586-022-04411-y
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