Collaborer avec des scientifiques sur la science informatique dans un environnement cloud est indispensable, sur la route des percées importantes que nous voyons aujourd'hui. Mais en pratique, les scientifiques sont obligés d'investir beaucoup de temps dans l'exploitation de l'environnement cloud dans tout ce qui concerne l'accès aux données volumineuses, la récupération et le téléchargement de machines informatiques, la gestion des exigences logicielles, la sauvegarde des rendus, etc. La startup israélienne Code Ocean pense avoir la solution à ce problème et a annoncé hier (mercredi) un nouvel investissement reçu de Microsoft.
Problème de collaboration entre chercheurs
L'idée de créer Ocean Code est venue après l'expérience de doctorat de Simon Adar (l'un des fondateurs) à l'Université de Tel Aviv ; là, il a collaboré avec l'Agence spatiale allemande et des laboratoires de recherche en Europe. "Un élément central du projet était la collaboration nécessaire entre les différents centres", explique Adar. "Chaque laboratoire de recherche était un leader dans son domaine. Certains étaient des leaders mondiaux en apprentissage informatique, certains en modèles géologiques, certains en calcul géométrique, etc. Mais nous n'étions pas vraiment en mesure de transférer l'infrastructure informatique d'un laboratoire à un autre pour être utilisée par toutes les personnes impliquées rapidement et facilement. En réalité, chaque laboratoire travaillait principalement de manière isolée. La collaboration se limitait essentiellement à la simple compilation de divers chapitres dans un seul document. Mais Code Ocean a une solution : développer une infrastructure pour la science informatique qui peut être facilement partagée avec un lien, quelle que soit la taille des informations, la complexité de l'environnement en termes d'exigences logicielles installées et la puissance de calcul requise.
Dans une conversation avec Geektime, Simon Adar, co-fondateur et PDG de la société, a déclaré que la société avait choisi de le faire avec l'aide d'un docker d'extension de conteneur. Il s'agit d'un nouveau conteneur pour la science informatique, qui contient tout ce dont vous avez besoin pour reproduire des expériences scientifiques à l'aide de l'informatique. Le code, les informations et l'environnement informatique. "La technologie s'appelle Compute Capsule et contient le code, les informations et l'environnement informatique. La technologie permet au scientifique de se concentrer sur le travail scientifique lui-même et non sur tout ce qui entoure le fonctionnement de l'environnement cloud."
La plateforme Ocean Code fonctionne à deux niveaux : le premier est destiné à l'usage privé des entreprises et des instituts de recherche ; le second est destiné au public – il propose 2 500 capsules de recherche publique disponibles en open source où les chercheurs partagent leurs connaissances avec la communauté mondiale. La société affirme que des sociétés biopharmaceutiques telles que Sema4, Lantern, Champions Oncology, CytoReason, Dragonfly Therapeutics utilisent déjà son produit.
Aujourd'hui, les scientifiques et les chercheurs peuvent utiliser des langages et des outils open source tels que Jupyter Notebook ou RStudio. Qu'est-ce qui distingue Code Ocean ?
"Cette connexion nécessite beaucoup de développement ou d'opérations manuelles qui sont trop compliquées pour un scientifique. Elles sont très frustrantes et chronophages. La plupart des scientifiques n'ont pas les compétences ou le désir de traiter ces détails. Ocean Code est le premier laboratoire virtuel pour la science computationnelle. Notre entreprise a un produit ouvert et gratuit à la communauté scientifique et est connectée à des débouchés scientifiques renommés comme Nature et Enterprise - pour les entreprises avec des départements de recherche. Aujourd'hui, nous sommes très tournés vers le monde des biotechnologies qui traite de l'analyse d'informations génomiques à grande échelle."
Code Ocean a été fondée par Simon Adar (PDG) et Veram Dayan (VP de la technologie - qui a déjà vendu une entreprise à Harman (aujourd'hui Samsung). Elle emploie 35 personnes, la plupart au centre de développement de Tel-Aviv. La ronde de financement actuelle de 16,5 millions de dollars a été menée par le fonds M12 de Microsoft et Battery Ventures et porte le capital total de la société levé à ce jour à 37,5 millions de dollars.
