Yhteistyö tutkijoiden kanssa laskennallisen tieteen parissa pilviympäristössä on välttämätöntä tiellä kohti merkittäviä läpimurtoja, joita näemme nykyään. Mutta käytännössä tutkijat joutuvat investoimaan paljon aikaa pilviympäristön käyttämiseen kaikkeen, joka liittyy big datan käyttöön, tietokonekoneiden poimimiseen ja lataamiseen, ohjelmistovaatimusten käsittelyyn, esitysten tallentamiseen ja muuhun. Israelilainen startup Code Ocean uskoo, että sillä on ratkaisu tähän ongelmaan, ja se ilmoitti eilen (keskiviikkona) uudesta sijoituksesta, jonka se sai Microsoftilta.
Ongelma tutkijoiden välisessä yhteistyössä
Ajatus Ocean Coden perustamisesta syntyi Simon Adarin (yksi perustajista) tohtorintutkinnon jälkeen Tel Avivin yliopistossa. siellä hän teki yhteistyötä Saksan avaruusjärjestön ja tutkimuslaboratorioiden kanssa Euroopassa. "Keskeinen osa hanketta oli eri keskusten välinen yhteistyö", Adar sanoo. "Jokainen tutkimuslaboratorio oli alansa edelläkävijä. Jotkut olivat laskennallisen oppimisen johtajia, toiset geologisissa malleissa, toiset geometrisessa laskennassa jne. Mutta emme todellakaan pystyneet siirtämään laskennallista infrastruktuuria laboratoriosta toiseen käytettäväksi. kaikki osapuolet nopeasti ja helposti. Todellisuudessa jokainen laboratorio työskenteli pääasiassa eristyksissä. Yhteistyö rajoittui lähinnä vain eri lukujen kokoamiseen yhdeksi asiakirjaksi." Code Oceanilla on kuitenkin ratkaisu: kehittää laskennallisen tieteen infrastruktuuri, joka voidaan helposti jakaa linkin avulla riippumatta tiedon koosta, kuinka monimutkainen ympäristö on asennettujen ohjelmistovaatimusten suhteen ja kuinka paljon laskentatehoa tarvitaan.
Keskustellessaan Geektimen kanssa Simon Adar, yksi yrityksen perustajista ja toimitusjohtaja, sanoo, että yritys päätti tehdä tämän kontin laajennus Dockerin avulla. Tämä on laskennallisen tieteen uusi kontti, joka sisältää kaiken mitä tarvitset tieteellisten kokeiden toistamiseen tietojenkäsittelyn avulla. Koodi, tiedot ja laskennallinen ympäristö. "Teknologiaa kutsutaan Compute Capsuleksi ja se sisältää koodin, tiedon ja laskentaympäristön. Teknologian avulla tutkija voi keskittyä itse tieteelliseen työhön eikä kaikkeen, mikä ympäröi pilviympäristön toimintaa."
Ocean Code -alusta toimii kahdella tasolla: ensimmäinen on yritysten ja tutkimuslaitosten yksityiskäyttöön. toinen on yleisölle – siinä on 2 500 julkista tutkimuskapselia, jotka ovat saatavilla avoimessa lähdekoodissa, joissa tutkijat jakavat tietoa globaalin yhteisön kanssa. Yhtiö kertoo, että biolääkeyhtiöt, kuten Sema4, Lantern, Champions Oncology, CytoReason, Dragonfly Therapeutics, käyttävät jo sen tuotetta.
Nykyään tiedemiehet ja tutkijat voivat käyttää avoimen lähdekoodin kieliä ja työkaluja, kuten Jupyter Notebook tai RStudio. Mikä tekee Code Oceanista erottuvan?
"Tämä yhteys vaatii paljon kehittämistä tai manuaalisia toimintoja, jotka ovat liian monimutkaisia tiedemiehelle. Ne ovat erittäin turhauttavia ja aikaa vieviä. Useimmilla tiedemiehillä ei ole taitoja tai halua käsitellä näitä yksityiskohtia. Ocean Code on ensimmäinen laskennallisen tieteen virtuaalilaboratorio. Yrityksellämme on tiedeyhteisölle avoin ja ilmainen tuote, joka on yhteydessä kuuluisiin tieteellisiin toimipisteisiin, kuten Nature ja Enterprise – yrityksille, joilla on tutkimusosastoja. Nykyään olemme erittäin keskittyneet biotekniikan maailmaan, joka käsittelee laajaa genomiikan informaatioanalyysiä."
Code Oceanin perustivat Simon Adar (toimitusjohtaja) ja Veram Dayan (teknologiajohtaja – joka on jo myynyt yrityksen Harmanille (nykyisin Samsung). Se työllistää 35 henkilöä, joista suurin osa Tel Avivin kehityskeskuksessa). Nykyistä 16,5 miljoonan dollarin rahoituskierrosta johtivat Microsoftin M12-rahasto ja Battery Ventures, ja yhtiön tähän mennessä kerätty pääoma on yhteensä 37,5 miljoonaa dollaria.
