Na cestě k významným průlomům, které dnes vidíme, je spolupráce s vědci na počítačové vědě v cloudovém prostředí nutností. V praxi jsou ale vědci nuceni investovat spoustu času do provozu cloudového prostředí ve všem, co souvisí s přístupem k velkým datům, vybíráním a stahováním výpočetních strojů, řešením softwarových požadavků, ukládáním ztvárnění a dalšími. Izraelský startup Code Ocean si myslí, že má řešení tohoto problému a včera (ve středu) oznámil novou investici, kterou obdržel od Microsoftu.
Problém se spoluprací mezi výzkumníky
Myšlenka na založení Ocean Code přišla po doktorandské praxi Simona Adara (jednoho ze zakladatelů) na univerzitě v Tel Avivu; tam spolupracoval s německou kosmickou agenturou a výzkumnými laboratořemi v Evropě. „Ústřední částí projektu byla nezbytná spolupráce mezi různými centry,“ říká Adar. "Každá výzkumná laboratoř byla špičkou ve svém oboru. Někteří byli světovými lídry v počítačovém učení, někteří v geologických modelech, někteří v geometrických výpočtech atd. Ale ve skutečnosti jsme nebyli schopni přenést výpočetní infrastrukturu z jedné laboratoře do druhé, abychom ji mohli použít všemi zúčastněnými rychle a snadno. Ve skutečnosti každá laboratoř pracovala hlavně izolovaně. Spolupráce byla v podstatě omezena na pouhé sestavení různých kapitol do jednoho dokumentu." Code Ocean má ale řešení: vyvinout infrastrukturu pro výpočetní vědu, kterou lze snadno sdílet pomocí odkazu, bez ohledu na velikost informací, jak složité je prostředí z hlediska požadavků na instalovaný software a jak velký výpočetní výkon je potřeba.
V rozhovoru s Geektime Simon Adar, spoluzakladatel a generální ředitel společnosti, říká, že se společnost rozhodla udělat to pomocí kontejnerového rozšíření Docker. Toto je nový kontejner pro výpočetní vědu, který obsahuje vše, co potřebujete k reprodukci vědeckých experimentů pomocí výpočetní techniky. Kód, informace a výpočetní prostředí. "Technologie se nazývá Compute Capsule a obsahuje kód, informace a výpočetní prostředí. Tato technologie umožňuje vědci soustředit se na samotnou vědeckou práci a ne na vše, co obklopuje provoz cloudového prostředí."
Platforma Ocean Code funguje na dvou úrovních: první je pro soukromé použití společností a výzkumných ústavů; druhý je pro veřejnost – obsahuje 2 500 veřejných výzkumných kapslí dostupných v open source, kde výzkumníci sdílejí znalosti s globální komunitou. Společnost říká, že biofarmaceutické společnosti jako Sema4, Lantern, Champions Oncology, CytoReason, Dragonfly Therapeutics již její produkt používají.
Vědci a výzkumníci dnes mohou používat open source jazyky a nástroje, jako je Jupyter Notebook nebo RStudio. Čím vyniká Code Ocean?
"Toto spojení vyžaduje mnoho vývoje nebo manuálních operací, které jsou pro vědce příliš složité. Jsou velmi frustrující a časově náročné. Většina vědců nemá schopnosti ani chuť se s těmito detaily vypořádat. Ocean Code je první virtuální laboratoř pro výpočetní vědu. Naše společnost má produkt, který je otevřený a bezplatný pro vědeckou komunitu a je propojen se slavnými vědeckými odbytišti jako Nature a Enterprise – pro společnosti s výzkumnými odděleními. Dnes se velmi zaměřujeme na svět biotechnologií, který se zabývá rozsáhlou analýzou genomických informací."
Code Ocean založili Simon Adar (CEO) a Veram Dayan (VP of Technology – který již prodal společnost Harmanovi (nyní Samsung). Zaměstnává 35 lidí, většinu z nich ve vývojovém centru v Tel Avivu Současné kolo financování ve výši 16,5 milionů USD bylo vedeno fondem M12 společnosti Microsoft a Battery Ventures a celkový kapitál společnosti k dnešnímu dni dosáhl 37,5 milionů USD.
